祝大家阖家欢乐!“猪”事顺利!
以下内容综合自Bioartreport、北京青年报
“这项成果的背后有着很多鲜为人知的曲折故事。文章如何从投Science到最终发表到NC?一个科研管理工作者如何重新回到学术界?”
因为《自然·通讯》杂志一篇科研论文,西北农林科技大学许晓东副教授和他的团队走入公众视野,这个仅有三个人、科研经费不足的团队,攻克下“可入教科书级”科研成果,首次在病毒中发现朊病毒,这一发现或为阿尔兹海默症的防治带来曙光。
1月21日,西北农林科技大学生命科学学院许晓东课题组在NatureCommunications杂志在线发表了题为Aviralexpressionfactorbehavesasaprion的研究论文,报道了第一个由病毒编码的朊病毒,具有重要的创新意义。
届硕士研究生南昊为该论文第一作者,许晓东副教授为通讯作者,陈红英教授和英国肯特大学MickTuite教授为共同作者。
许晓东介绍,因为研究尚处实验阶段,没有申请到科研经费,买耗材都要一毛一毛的讲价,他的研究生南昊毕业三年不拿资助,靠打零工坚持做实验,经过近十年努力,许晓东团队攻克下被外国专家认为不可能完成的任务。
实验意外发现课题
灵感源于一次意外的实验结果。年,仍在英国雷丁大学攻读博士学位的许晓东,在一次实验中发现,一个名为LEF-10的杆状病毒蛋白出现在了浓缩胶里,并且信号非常强烈。然而,许晓东多方查阅资料都没能了解异常信号出现的原因。
年,许晓东和妻子陈红英回到国内,于西北农林科技大学生命科学学院任教,并建立起实验室。为了实验室的运转,许晓东也做一些其他课题的研究,但浓缩胶里的LEF-10一直是他抹不去的心结。
经过反复摸索实验,许晓东猜测,浓缩胶中的LEF-10可能是朊病毒。此前,科学界曾在动物和真菌中发现过朊病毒,但还尚未有人从病毒中发现朊病毒。这个猜测让许晓东兴奋起来,然而,提出假设到论证结果之间,仍有很难迈过的鸿沟。
为了鉴定LEF-10是朊病毒,许晓东从国外研究者那里借来了酿酒酵母Sup35p鉴定方法,该方法由已故的著名生物学家苏珊·林德奎斯特建立,但此前仅用于酵母领域朊病毒鉴定。国外的研究者曾告诉许晓东,这个实验非常“tricky(棘手)”,即使拿到鉴定方法,也很难获得实验结果。
经费人力不足仍然坚持
实验过程,有着不为人知的艰辛。许晓东介绍,生物实验出结果一般都比较快,但国内在朊病毒鉴定领域尚属空白,很多技术手段不成熟,失败是家常便饭。“别的实验要做出一张图,一两天就够了,我们却需要一两个月”。
更艰难的是经费和人员的短缺。因为实验尚停留在假设阶段,许晓东申请不到科研经费,靠着入校时的科研经费和学院的支持,他支撑了近十年的科研工作,“我后来算了一下,我总共的科研经费是48.5万”。因为经费短缺没有招生指标,年许晓东的硕士研究生南昊毕业后,因为热爱这个课题,成为许晓东实验室的编外人员,不拿任何资助,甚至需要在外打零工养活自己。
付出终有回报。许晓东团队首次在病毒中发现朊病毒,这也将为治疗阿尔茨海默症带来曙光。据了解,朊病毒是一类具有感染性的特殊蛋白,这种蛋白能将某种构象在同种蛋白甚至不同种蛋白间传递,最终导致所有蛋白都发生变构。20世纪80年代,科学家们在研究传染性海绵状脑病时发现了朊病毒的存在。美国生化学家斯坦利·普鲁西纳因发现朊病毒获得了年的诺贝尔生理学或医学奖。
近年来,科学家们陆续在动物、植物、真菌和细菌中都发现了朊病毒。但是,作为自然界中数量巨大、种类繁多、分布甚广的生命形式,病毒中是否存在朊病毒一直不为人所知。如今,许晓东团队的研究填补了这项空白,并且由于疱疹病毒感染与阿尔兹海默症之间存在关联,这一研究或许为阿尔兹海默症的防治带来新的曙光。
学院:基础性研究确实难获经费将尽力予以支持
西北农林大学生命科学学院院长郁飞介绍,许晓东所从事的是基础性科学研究,相对于一些应用性的研究,确实更难获得科研经费。学院在了解到许晓东的困难时,也尽力为他提供一些支持。
郁飞告诉北青报记者,他评判科研人员的一个重要标准是他的工作状态,看到许晓东团队努力工作的情况,郁飞在一些考核指标上也尽力为他创造更为宽松的条件,“不会用一些条条框框的东西卡他”。此外,学院也曾给予许晓东资金和硬件设备方面的支持。“基础科学研究也许不能立马服务国民经济,但这不代表基础科学研究不重要,我一直认为我们国家科研能力的提升,原创性的基础研究是非常重要的”,郁飞说。
郁飞介绍,许晓东的研究成果发表后,学校、学院多个层面已经开展工作,将为许晓东提供支持,“未来三年的科研经费已经落实了,南昊也可以继续跟随许晓东读博士”,郁飞说。
对话副教授许晓东与学生南昊
北青报:当时国外的专家说您做不出来?
许晓东:外国专家人也都很客气,我们联系要鉴定系统时,也都很爽快的给我们了。但是因为这个鉴定系统是针对酵母的,而我们做的是病毒,存在一定的壁垒,他们也说想要获得结果很“tricky(棘手)”,我们之前完全没有做酵母的经验。
北青报:实验过程中遇到了哪些困难?
许晓东:困难很多,失败过很多次,一般的生物实验得出结果都很快,但我们这个实验用了4年多的时间,主要这个实验的技术不好掌握。在朊病毒鉴定领域,国外已经开展了二十余年,但此前国内基本没有人做过。我们肯定不是第一个引进该鉴定系统的团队,也有别人引进过,但是实验难度太高都放弃了。
经费紧张买东西要一毛钱一毛钱讲价
北青报:总共花了多少科研经费?为什么在申请科研经费时遇到一些困难?
许晓东:我过后统计了一下,整个课题最后的花费大概是48.5万元,其中包括30万的人才引进经费和学院支持的一些费用。像生物学这样一些还处在假设阶段的课题,一些科研经费不太可能给予支持,因为在实验做出来之前谁也不知道他的价值和意义。
北青报:实验中会受到经费短缺的影响吗?
许晓东:那肯定会,为了坚持完成这个实验我们也想了很多省钱的办法。有一次我到哈尔滨讲座时,说到我们用了一个很贵很贵的培养皿。一位听众以为我用了特殊的仪器,我一描述,他才发现就是实验室常用的培养皿,四十多块钱一个。但实验中要用很多这种培养皿,我们经费紧张,就买不起,还是其他老师资助的。就连实验室买离心管时,一包十几块钱,我们都一毛一毛的往下讲价。
北青报:您的夫人陈红英教授也支持了您一些科研经费吗?
许晓东:她当时在蓝耳病病毒研究方面取得了一些成果,但是因为要为我这个研究争取一些经费,就暂时放弃了蓝耳病毒方面的研究。
北青报:过程如此艰难,有想过放弃吗?
许晓东:真的没想过放弃。因为在生物领域发现一个新的课题是很困难的,而且我认为这个课题是能够出现重大突破,在做的过程中发现一些曙光,因此,不管多难也得做下去。
学生贡献大理应署第一作者
北青报:南昊是您的研究生吗?他在整个课题中主要负责什么?
许晓东:南昊是我13级的研究生,到他年毕业时,我没有博士生招生名额,当时有其他老师找他,但是他还是继续跟着我做实验,成为我实验室的编外人员,因为经费也紧张,也没给他资助。这个课题中,大部分的实验都是南昊做的,我只参与了一小部分。
北青报:网上很多人说您给南昊署第一作者非常高尚,您怎么看?
许晓东:这个课题绝大部分工作都是南昊做的,我只是做一些指导性的工作,所以他理应是唯一的第一作者。
将为研究阿尔兹海默症带来曙光
北青报:您这个研究对阿尔兹海默症研究有什么关系?
许晓东:现在已经有很多研究发现病毒感染与阿尔兹海默症发病之间存在相关性,但是还不清楚具体的关系是什么。我们的研究就是要找到这种关联性。我们现在在别的病毒中发现了朊病毒,如果在人的疱疹病毒中发现朊病毒,这个链条就会更清晰一些,以帮助确定阿尔兹海默症的病因。
北青报:论文发表之后,下一步的研究方向是?
许晓东:因为我们这个研究属于领域开拓性的研究,往下可以研究的东西非常多。但是目前我们面临的最大问题是这个队伍要稳定下来,比如南昊的去向问题。
学生南昊:三年没拿钱靠打零工挣钱帮老师做实验
作为此项研究的第一作者,南昊年研究生毕业后成为许晓东实验室一名编外人员,三年来他不拿资助,靠自己在外打零工坚持做实验。南昊说,紧缺的实验经费也锻炼了他的能力,这样的训练将使他受益终生。
数百篇文献,上千次实验,想做“改变教科书中一句话”的研究
北青报:什么时候跟着许老师做这个项目?年毕业时为什么不选择继续读博或者就业?
南昊:我从年大四时就开始跟着许老师做研究,年开始做朊病毒这个课题。年毕业的时候,许老师没有博士招生名额,当时也有其他老师找我读博,但是我很喜欢这个课题,也希望跟着许老师继续研究,就留下来了。当时已经签了待遇不错的其他工作,本想利用闲暇时间做实验,但是精力跟不上,就辞职专心做实验了。
北青报:从年毕业到现在经济来源是?家里人支持你这种选择吗?
南昊:毕业之后,我主要是靠在外做一些兼职来养活自己,兼职也都是和本专业相关,比如给一些科技公司做顾问之类的。家里人刚开始也不支持我,毕竟这是一个不同于常人的选择,我就是不断给他们“洗脑”呗,告诉他们我所做研究的重要性,因为这可能是改变教科书中一句话的研究。我妈妈倒是一直很支持我,因为她觉得我从小到大没干过不靠谱的事。
北青报:做这个课题的难点在哪?
南昊:这套鉴定系统是国外专家发明的,基本都是出自一个师门的学者,很多实验方法他们是手把手的教,并不会详细写出来,我们很难掌握。我大概精读了多篇核心文献,当时有个实验我们做了六个多月,实验中用到的滤纸用手按实有60厘米厚(6张大约3毫米厚)。
经费不足捡砖头做实验
北青报:科研经费紧张会有什么影响?
南昊:实验过程中很忙不觉得有什么,现在回想起来确实有些辛酸。有一次实验中需要配重,一般实验室都会采购金属块等,但我们没有经费,我就去楼下的花园里面捡砖头,自己敲碎到合适的重量。但我认为科研经费的紧张也从另一方面锻炼了我的能力。一些经费丰裕的实验室,有时候会花钱雇外包做实验,其实作为学生什么也没学会。因为我们经费紧张,所以一切实验都得自己上,像有个实验我就做了一千多次,那这样的训练对我一辈子的科研都是有好处。所以我认为科研经费很重要,但不能经费多到花钱解决而不动脑子的地步。
北青报:有网友说你们会不会数据造假?
南昊:这个肯定不会。我们所有的实验数据都是经过多次反复验证的,以证明这个实验数据不是偶然得出的。一些国内同行在发表论文时,会将审稿人意见去掉,因为担心其中一些专家指出的尖锐意见会影响论文发表。但我们全都保留了,因为我们这个研究领域太新了,之前也受到过一些质疑。所以我们将业内顶级科学家的审稿意见,包括一些质疑和批评都保留了,并且对这些质疑、批评做出回应,我们敢放出来,也是因为我们的结论是经得起考验的。
特别分享
《病毒编码的朊病毒》
文丨许晓东博士
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“此时此刻,我账面上剩余的经费不足千元。只能说,对于我们这样的小课题组,原始创新的风险是巨大的。这条路很大的可能是越走越窄,以至于最终面临没有经费没有研究生的窘境。然而,我们终究是幸运的,终于活着看见了今天的朝霞。”
持续很多年的研究终于隐约看见了终点,趁着投稿期间空挡,陆续把这段历史整理出来。
年11月到了英国雷丁大学IanJones教授实验室后,第一个项目就是表达5个杆状病毒晚期因子。因为这类蛋白可能有活性,所以在大肠杆菌和昆虫细胞中的表达量可能会有所不同。为了检测蛋白的产量,就要做Westernblot。做这个工作,转膜时一般都把浓缩胶剥离扔掉。因为我以前没做过,就把整块胶都转了。压了X光片后发现,LEF-10泳道浓缩胶位置有很强的杂交信号。当时觉得可能是样品没有煮好,但重复了几次还是这样——这引起了我的兴趣,因为在我有限的阅历里没见过这个现象。那一段时间我经常到图书馆查生化方面的书和期刊,看看这是不是一个未被发现的现象,但一无所获。
因为老板的HIV项目下来了,他把我转到新项目,原来表达那几个蛋白的工作告一段落。老板把这部分工作写了一篇文章,连续被几个杂志拒了之后,年发表在VirusGenes上。虽然这个工作已然结束,但浓缩胶那个事一直萦绕在心头,挥之不去。为什么呢?这就要扯远一点了。当年读研的时候做的很不顺利,硕士毕业后坚决去了中科院微生物所科技处,从事科研管理工作。那份工作很清闲,闲来无事就学网络和Linux,再无聊的时候就读各类项目的申请书什么的。因为我已经跳出了具体的研究领域,所以我更能从一个前所未有的高度去审视这些课题。读的多了我就发现,一个好的课题——也许做的时候仅仅着眼于局部——必须立意高远,必须有生物学上的普遍意义。正是这个背景,导致我在看到了浓缩胶中的信号后,立刻觉得这个现象很可能具有某种潜在的意义。
此后我一直断断续续地做一些lef-10相关的工作,想看看浓缩胶里到底是什么玩意。通过镍柱洗脱曲线,我判断这个“复合物”不均一。纯化后的“复合物”可以超离心离下来,推测分子量非常大,已经不是真溶液了。离心下来的东西重悬之后用苯酚氯仿抽提,能从里面提出DNA和RNA。然后这个实验就进行不下去了——因为不知道在不花钱的前提下还能做些什么,只好往功能上做,看看lef-10有什么生理功能。正好实验室有RedET敲除系统,把lef-10敲除之后无法重组出病毒,奇怪的是用lef-10也拯救不回来。后来隐隐地觉得哪里不对,仔细检查序列,才发现lef-10和必需基因VP重叠,敲除lef-10时把VP也给敲除了,乌龙了。这些结果年2月在组会上讲了一次,当时老板也没表示什么特别的兴趣,加之不知道如何在不影响VP的前提下敲除lef-10,这件事就放下了。
年决定回国到西农工作,回国之前和老板说未来想做杆状病毒方面的工作,老板把全套杆状病毒的材料给了我们。当时我就想集中精力做做lef-10。刚回来那段时间我一有机会就问别人是否见过这种现象(其实当年在英国的时候也是这样逢人就问),问到的人都说没见过,这更加坚定了我做下去的决心。之后的进展异常缓慢,在英国做过的很多实验都重复不出来。年10月我在组会上把之前所有的关于lef-10支离破碎的工作总结了一遍。当时还和prion比较了,觉得它们的差异蛮大的(Sup35和Aβ-42虽然号称抗SDS,但不能加热水煮,而lef-10在SDS中即便煮10分钟也不解离)。最后我在PPT中提到未来要做的工作:1、确定是