淤泥主要由粘土颗粒和有机碎屑构成，因此，控制堤岸的侵蚀、沉淀以及科学合理混养、正确使用微生物制剂促进氮呼吸，都可以有效减少淤泥的量。
1.护坡与沉淀池
池塘淤泥中的粘土颗粒主要来自风或增氧机引起的波浪对池塘堤岸的侵蚀。因此，采取适当的护坡措施可以有效地减少堤岸侵蚀所带来的淤泥，这对于酸性硫酸盐土壤或盐碱土壤池塘尤其重要，因为这些池塘氧化的堤岸侵蚀带来的不仅仅是粘土颗粒，还带有强酸或强碱。对于换水量大而水源浑浊的池塘，最好有个沉淀池预先处理以减少水源带来的泥沙沉淀物。
2.合理混养
水生生态系统中除了淤泥是碳汇外，另一个碳汇就是水生动物。每公斤水生动物（如淡水池塘里的鲢鱼和鳙鱼）平均含碳克（湿重），可相应节约（克碳/12克/摩尔碳×32克/摩尔氧=）克氧。因此，合理混养滤食性鱼类，尽量提高混养鱼类的产量，也可以降低淤泥的产量。也就是说进入池塘生态系统所有的碳，无论来自饲料还是光合作用，除了作为能量呼吸形成二氧化碳外，如果不转化为生物体，就转化为氧债（淤泥）。